Proses pengerukan Waduk Sei Harapan terus berlanjut. Area pengerukan dibatasi oleh Geotube dan tanah hasil pengerukan dibuang sejauh dua kilometer dari waduk.
Direktur Badan Usaha dan Fasilitas Lingkungan (Fasling) Badan Pengusahaan (BP) Batam, Binsar Tambunan mengatakan tahap pertama ini, tanah hasil kerukan dipompakan dua kilometer dari waduk dan ditampung di tempat penampungan yang menggunakan sistem cukup mumpuni.
Area tempat penampungan tanah kerukan Waduk Sei Harapan ini seluas 10 hektar dan berlokasi di hutan lindung, yang merupakanpinjam pakai dengan Kementerian Kehutanan. Tanah hasil pengerukan dipompakan kesana.

Adapun anggaran pengerukan ini berasal dari dana Dam Operational Improvement Safety Project (DOISP). Dana ini berasal dari Bank Dunia. Dana ini disalurkan kepada Balai Wilayah Sungai Sumatera IV yang berkantor di Sekupang.
Jumlahnya mencapai Rp 250 miliar. Untuk tahap pertama yang membutuhkan waktu kurang lebih setahun ini, anggaran yang digunakan sebanyak Rp 60 miliar.
Target pengerukan sendiri mencapai 1 juta meter kubik. Tujuannya untuk mencegah waduk ini terkena sedimentasi, yang mempengaruhi kualitas dan debit air. Hal ini agar krisis air tidak terjadi di Kota Batam.
Selain pengerukan, dana tersebut juga digunakan untuk pemagaran, perbaikan infrastruktur dan lainnya. Perbaikan infrastruktur sudah dilakukan di Waduk Sei Ladi.